1940年9月创办的是延安自然科学院。抗日战争时期，中共中央在新的历史条件下，为了培养科学技术干部、发展科学技术事业，于1939年5月决定建立延安自然科学研究院。1940年1月，为了适应抗战建国的需要，特别是为了发展陕甘宁边区经济建设的需要，并为未来的新中国培养一批科学技术干部，中共中央决定将延安自然科学研究院改为延安自然科学院，由中央文委领导。

　　延安自然科学院的办学理念

　　延安自然科学院在当时既是进行自然科学教学的最高学府，又是进行自然科学学术活动的中心，许多学科的学会都设在这里；院内建立了一幢科学馆，许多学术报告会、讨论会、专题讲座都在这里进行。徐特立积极提倡学术思想自由，大力开展学术问题讨论。他认为，这是推动自然科学、社会科学以及高等学校、科研机关工作迅速发展的重要措施之一。

　　延安自然科学院教育思想

　　为建设和发展中国的科学技术事业，徐特立于1941年10月提出了科学教育机关、科学研究机关和经济建设机关三位一体是科学正常发育的园地的思想。他认为延安自然科学院应与军工局建设厅等机关所属的工厂农场密切联系起来，把理论与实际真正联系起来，并由这些单位共同组成一个“学校管理委员会”，使工厂、农场的负责人都作为主人翁参加进来，彼此商谈，学校也可以按照工厂和农场等单位的需要来培养人才。